《协议》提出，建立双方指导协调机制。建立西江流域防汛抗旱应急管理联席会议制度，每年举行一次会议，研究决定洪水应急管理和供水安全应急管理等合作目标和任务，以及协调推进洪水应急管理和供水安全应急管理等重大事宜。
根据《协议》，双方合作内容涵盖信息共享洪水预报、防洪调度、旱情咸潮、会商机制、应急保障、补偿机制等七大部分，有关雨情、水情、旱情、咸潮、水污染、险情、山洪灾害、人员转移情况等都将进行共享。
《协议》还规定，双方应提早进行珠三角咸潮和供水形势分析及预警工作，制定调水压咸补淡的应急措施，负责辖区内工程管理和管水、护水工作。
西江是珠江的最主要干流，而珠江是水量仅次于长江的大河。受地理条件限制，西江在广东境内没有调蓄洪水的大型水库，沿岸主要靠堤围设防。目前，西江流域防洪体系尚不完善，干流较大洪水仍未得到有效控制，广东河段主要堤防只能防御５０年一遇的洪水。
同时，西江是广东最为重要的供水水源之一，惠及广东４０００多万人口，澳门的用水有９９％来源于西江。由于近年来珠江口咸潮上溯现象日益频繁，对西江下游地区供水安全造成严重威胁。因此，做好西江流域的防洪安全和水资源保障工作，对两广经济社会发展具有重要的战略意义。